Jacques Merlin naquit à Alençon le 5 février 1566 (d'après Arcère) de Pierre Merlin et de Françoise de Meslay.
Après avoir échappé au massacre de la Saint-Barthélémy, à Paris, grâce à une vieille femme qui le prit chez elle, et avoir passé quelques années à Guernesey, il alla étudier en Suisse et en Angleterre.
Il débarqua, âgé de vingt-quatre ans à La Rochelle, en 1580, pour y exercer la charge de pasteur.
Son père, Pierre Merlin, ministre de Laval, fils de Jean Raymond, né à Romans, en Dauphiné, avait été chapelain de l'amiral Coligny, disciple de Théodore de Bèze, et l'un des organisateurs des églises protestantes en France.
Jacques Merlin, mort après 1620, a laissé deux manuscrits.
Le premier, qui est le journal de sa vie ou petit diaire, a été publié à Genève, chez Joël Cherbulier en 1835, in-8° de 65 pages, par Alexandre Crottet, sous ce titre : "Diaire ou journal du ministre Merlin".
Le second est le recueil chronologique des évènements dont La Rochelle a été le théâtre pendant trente et un ans (1589-1620), ou grand diaire. Sous le titre "diaire de Jacques Merlin ou recueil des choses les plus mémorables qui se sont passées en cette ville [de La Rochelle] de 1589 à 1620", publié par M. Charles Dangibaud. Il appartient à la bibiothèque de La Rochelle, après avor été la propriété des pères de l'Oratoire. Il se compose de 568 pages "d'une écriture souvent fort difficile, dit M. Dunan, où il y a beaucoup de mots et même des phrases entières qui sont indéchiffrables."
